辦理商品房的土地使用權證流程如下：

1、與市、縣人民政府土地管理部門簽訂土地使用權出讓合同；

2、根據(jù)合同約定，繳納全部土地出讓金；

3、持有出讓合同等材料到不動產(chǎn)登記機構辦理土地使用權證。

根據(jù)《土地管理法實施條例》第五條第一款的規(guī)定，單位和個人依法使用的國有土地，由土地使用者向土地所在地的縣級以上人民政府土地行政管理部門提出土地登記申請，由縣級以上人民政府登記造冊，核發(fā)國有土地使用權證書，確認使用權。其中，中央國家機關使用的國有土地的登記發(fā)證，由國務院土地行政主管部門負責，具體登記發(fā)證辦法由國務院土地行政管理主管部門會同國務院機關事務管理局等有關部門制定。