宅基地邊界爭議雙方當事人可以通過協商處理，或者請求村民委員會、鄉(xiāng)鎮(zhèn)人民政府調解解決；當事人不愿協商、調解或者協商、調解不成的可以向仲裁機構申請仲裁，對處理決定、仲裁結果不服的可以直接向人民法院起訴。
法律依據：
《土地管理法》第十四條
土地所有權和使用權爭議，由當事人協商解決；協商不成的，由人民政府處理。單位之間的爭議，由縣級以上人民政府處理；個人之間、個人與單位之間的爭議，由鄉(xiāng)級人民政府或者縣級以上人民政府處理。當事人對有關人民政府的處理決定不服的，可以自接到處理決定通知之日起三十日內，向人民法院起訴。在土地所有權和使用權爭議解決前，任何一方不得改變土地利用現狀。房產過戶請求權不適用訴訟時效。