農(nóng)村集體土地使用證變更流程如下：

1、向土地所在地的縣級人民政府土地行政主管部門提出變更登記申請；

2、提交材料；

3、審核材料；

4、審核通過后，登記造冊，核發(fā)集體土地使用權(quán)證書。

根據(jù)《土地管理法實施條例》第六條第一款的規(guī)定，依法改變土地所有權(quán)、使用權(quán)的，因依法轉(zhuǎn)讓地上建筑物、構(gòu)筑物等附著物導(dǎo)致土地使用權(quán)轉(zhuǎn)移的，必須向土地所在地的縣級以上人民政府土地行政主管部門提出土地變更登記申請，由原土地登記機關(guān)依法進行土地所有權(quán)、使用權(quán)變更登記。土地所有權(quán)、使用權(quán)的變更，自變更登記之日起生效。